Além de toda a beleza das praias, Guaratuba conta com diversos rios que compõe um dos sistemas fluviais mais importantes do Litoral.
A região litorânea do Paraná é banhada pela bacia hidrográfica do Atlântico, com Guaratuba pertencendo a sub-bacia da Baía de Guaratuba.
A bacia hidrográfica da Baía de Guaratuba tem 1393 km² e se destacam os rios São João, Cubatão e Cubatãozinho. O rio Cubatão é o principal componente dessa bacia.
Rio São João
O Rio São João nasce no Pontal do Itararé com nome de Rio do Pontal, corre em direção ao sul, passa por Santa Catarina entra novamente no Paraná e segue até se encontrar com os braços do Rio Cubatão e deságua na baía depois de um curso de 60 km. Seus afluentes principais são: Araraquara, Pai Paulo, Carvalho, Taquaruvu, Rio do Melo, Vitório, Rio Claro e Rio do Meio à esquerda.
Rio Cubatão
Nasce no Município de São José dos Pinhais com o nome de São João, serve em parte, de divisa entre São José e Guaratuba. Quando recebe o rio Arraial toma o nome de Cubatão até desaguar na Baía.
Seus afluentes são: Castelhano, Coatís, Ribeirão Grande, Zoada, Navio Arraial, Cubatãozinho e Rio Preto. Tem um curso de cerca de 80 km.
Rio Cubatãozinho
O Cubatãozinho nasce na Serra das Canavieiras entre Guaratuba e Morretes. Tem um curso de cerca de 60 km. Tem como afluentes o Ribeirão da Prata, Rio dos Henriques, Guarajuva, Canavieiras, Parado, Furta Maré e Rasgado.
Rio Saí-Guaçu
O Saí serve de limite entre Guaratuba e Santa Catarina e tem uma extensão de 14225 metros. O único que deságua no Oceano Atlântico. Tem uma unidade de captação de água.
Esses são alguns dos principais rios de Guaratuba. Além deles vários outros rios como o Parati, do Melo, São Joãozinho, Descoberto, entre outros, são de muita importância na hidrografia local e fonte de uma imensa biodiversidade.
